Quá trình phân giải

1. Phân giải prôtêin và ứng dụng

Quá trình phân giải các prôtêin phức tạp thành các axit amin diễn ra bên ngoài tế bào nhờ vi sinh vật tiết prôtêaza ra môi trường. Các axit amin này được vi sinh vật hấp thụ và phân giải tiếp để tạo ra năng lượng cho hoạt động sống của tế bào.
Khi môi trường thiếu cacbon và thừa nitơ, vi sinh vật sẽ khử amin của axit amin và sử dụng axit hữu cơ làm nguồn cacbon, do đó có amôniac bay ra. Nhờ prôtêaza của vi sinh vật mà prôtêin của cá, đậu tương... được phân giải tạo ra các axit amin, dùng nước muối chiết chứa các axit amin này ta được các loại nước mắm. nước chấm...

2. Phân giải pôlisaccarit và ứng dụng

Nhiều loại vi sinh vật có khả năng phân giải ngoại bào các pôlisaccarit (tinh bột, xenlulôzơ ...) thành các đường đơn (mônôsaccarit), sau đó các đường đơn này được vi sinh vật hấp thụ và phản giải tiếp theo con đường hô hấp hiếu khí, kị khí hay lên men.
Con người sử dụng các enzim ngoại bào như amilaza để thủy phân tinh bột để sản xuất kẹo, xirô, rượu ...
a) Lên men êtilic
   Nấm (đường hoá)     Nấm men rượu 
Tinh bột —— ► Glucôzơ ——-—► Êtanol + CO₂ 
b) Lên men lactic
Lên men lactic là quá trình chuyển hóa kị khí đường (glucôzơ, lactôzơ ...) thành sản phẩm chủ yếu là axit lactic, có 2 loại lên men lactic là lên men đồng hình và lên men dị hình. Vi khuẩn lactic đồng hình 

Glucôzơ   ►   Axit lactic
Vi khuẩn lactic dị hình
Glucôzơ  ► Axit lactic + CO₂  + Êtanol + Axit axêtic ...

c) Phân giải xenlulôzơ
Hợp chất chủ yếu trong xác thực vật là xenlulôzơ. Vi sinh vật tiết hệ enzim xenlulaza đế phân giải xenlulôzơ làm cho đất giàu chất dinh dưỡng và tránh ô nhiễm môi trường. Người ta thường chủ động cấy vi sinh vật để phân giải nhanh các xác thực vật.
Mặt khác, do quá trình phân giải tinh bột, prôtêin, xenlulôzơ ... mà vi sinh vật làm hỏng thực phẩm, đồ uống, quần áo và thiết bị có xenlulôzơ.